Steve Dorner comenzó el desarrollo de Eudora en el año 1988. Qualcomm adquirió Eudora en el año 1991. En el 2006 Qualcomm detuvo el desarrollo de la versión comercial y patrocinó la creación de una versión de código abierto basada en Mozilla Thunderbird cuyo nombre en clave fue Penelope
En un principio Eudora se distribuía de manera gratuita, posteriormente se comercializaron varias versiones: Eudora Light (freeware) y Eudora Pro (comercial). Entre los años 2003 y 2006, la versión Pro completa también estaba disponible de manera gratuita como software adware.
En la versión 6.0.1 se añadió soporte para los filtros bayesianos de filtrado de spam con una característica llamada SpamWatch. Eudora (6.2) añadió utilidades para intentar prevenir el phishing señalando los enlaces sospechosos en los enlaces de los correos electrónicos. En la versión 7.0 se añadió Ultra-Fast Search, que permitía encontrar correos electrónicos usando uno o varios criterios de búsqueda en segundos.
Eudora guarda los correos electrónicos en formato mbox, que usa texto plano, en lugar de una base de datos, como hace Microsoft Outlook. Esto permite al usuario salvaguardar partes de sus correos sin tener que copiar la base de datos completa.
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